A Római Birodalom részeként Aquincum a Kr.u. 1-5 sz. között Alsó Pannonia központja volt. A múzeum Aquincum polgárvárosának kb. 1/3-át mutatja be a városközpont legjellemzőbb középületeivel, magánházaival. A kiállításokon többek között az egyedülálló orgona és a helytartói palota legszebb leletei láthatók.